استقلال فرصت خوبی داشت تا پس از حذف پرسپولیس در جام حذفی به مرحله نیمه نهایی صعود کند که این چنین نشد و با شکست در مقابل نساجی در ضربات پنالتی وداع تلخی با این جام داشت.شاگردان فرهاد مجیدی در این فصل ۳ دیدار در جام حذفی داشتند که هر ۳ دیدار آنها بدون داشتن برنده به وقت اضافه رفت و تکلیف ۲ بازی آنها در ضربات پنالتی مشخص شد.در مجموع این 3 بازی که 360 دقیقه به طول انجامید تنها 2 بار موفق به گلزنی شدند و آمارشان در این جام اصلا قابل قبول نمی باشد.

استقلال در جام حذفی در فاز دفاعب عملکرد قابل قبولی داشته است.

شاگردان مجیدی یک بار در دیدار مقابل نود ارومیه توسط آرمان رمضانی و یک بار هم مقابل پیکان توسط ارسلان مطهری به گل رسیدند و موفق به باز کردن دروازه نساجی نشدند تا در آمار به طور متوسط هر ۱۸۰ دقیقه (معادل ۲ بازی) یک گل زده باشند.تنها مزیت این تیم همانند لیگ برتر خط دفاعی خوب آنها می باشد که در این سه دیدار فقط یک گل دریافت کرده اند.